甲方委托乙方开发一款软件，委托合同上已明确约定“该软件的所有知识产权归甲方所有。甲方为知识产权的申请人，但发明人应包含乙方研究人员。”我想问下在这种情况下甲方应该如何进行著作权登记？申请表中选择合作开发还是委托开发？是否需勾选“部分权利”下除“署名权”以外的所有权利？
开发方式：委托开发；著作权归属，以委托开发协议约定为准。
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